Ibadah SKM HKBP Jatisampurna dilaksanakan dalam dua ibadah yaitu pkl. 06.00 Wib dan pkl. 10.00 Wib, disesuaikan dengan ibadah dewasa, agar dapat hadir berbarengan dengan orangtua.

Ibadah Sekolah Minggu HKBP (+30 menit), dilanjutkan dengan bagi kelas sesuai dengan kelompok umur/kelas (+ 45 menit). Pembagian kelas terdiri dari 7 (tujuh) kelas yaitu: Batita-TK di lantai 2 sopo, Kelas 1, Kelas 2, Kelas 3, kelas 4, Kelas 5, Kelas 6 di lantai 3 sopo. 

Sampai saat ini masih dibutuhkan penambahan fasilitas atau perlengkapan belajar mengajar, seperti Karpet (utk Batita-TK sampai kelas satu), kursi, lemari, meja, infokus dll.Kehadiran anak SM masih sekitar 300-400 orang atau sekitar 50 % dari jumlah anak keseluruhan800 orang. sesuai dengan data base jemaat tahun 2018.

Selain itu, Pelayanan Sekolah Minggu di Wijk 8 yang diadakan di Rumah Keluarga St. A. Simbolon / br Purba di Cikeas Udik. Rata-rata kehadiran anak sekolah minggu adalah antara 15-20 orang. Pelayanan sekolah minggu tersebut dilayani oleh GSM dan parhalado Wijk 8. Diharapkan ke depan bahwa pelayanan ini semakin dioptimalkan lagi dan dapat dilayani secara mandiri dengan menambah GSM di wijk 8.